به کارگیری خوشه‌بندی دوبعدی با روش «زیرماتریس‌های با میانگین- درایه‌های بزرگ» در داده‌های بیان ژنی حاصل از ریزآرایه‌های DNA

Authors

  • رضایی طاویرانی, مصطفی گروه علوم پایه دانشکده پیراپزشکی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
  • زایری, فرید گروه آمار زیستی دانشکده پیراپزشکی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
  • علوی‌مجد, حمید گروه آمار زیستی دانشکده پیراپزشکی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
  • یونس‌پور, شیما دانشکده پیراپزشکی دانشگاه علوم پزشکی شهید بهشتی
Abstract:

Background and Objective: In recent years, DNA microarray technology has become a central tool in genomic research. Using this technology, which made it possible to simultaneously analyze expression levels for thousands of genes under different conditions, massive amounts of information will be obtained. While traditional clustering methods, such as hierarchical and K-means clustering have been shown to be useful in analyzing microarray data, they have some limitations. These methods assume that a gene or an experimental condition can be assigned to only one cluster and a gene belongs to a group of genes that are coexpressed under all conditions. Therefore, to overcome these shortcomings, biclustering methods are used. The purpose of this paper was to evaluate the efficiency of a biclustering method in analyzing yeast gene expression data.  Materials and Methods: In this study, Large Average Submatrices (LAS) method has been used to analyze the yeast Saccharomyces cerevisiae expression dataset, provided by Gasch et al. (2000). The dataset contains 2993 genes and 173 different experimental conditions. In this study, the software packages such as LAS, JMP and GOAL has been used for analyzing data.  Results: Results showed that the LAS method is able to produce biologically and statistically relevant biclusters.   Conclusion: This study showed that LAS can be used to discover biologically significant subsets of genes under subsets of conditions for microarray data analysis.

Upgrade to premium to download articles

Sign up to access the full text

Already have an account?login

similar resources

به کارگیری خوشه بندی دوبعدی با روش «زیرماتریس های با میانگین- درایه های بزرگ» در داده های بیان ژنی حاصل از ریزآرایه های dna

مقدمه و هدف: در سال های اخیر، فناوری ریزآرایه ی dna نقش اساسی در تحقیقات ژنومی داشته ­است. با استفاده از این فناوری که امکان آنالیز هم­زمان سطوح بیان هزاران ژن را در شرایط مختلف فراهم­آورده­است، به حجم انبوهی از داده ها دست­می یابیم. روش های کلاسیک خوشه بندی نظیر روش های سلسله مراتبی و غیرسلسله مراتبی، روش هایی مناسب برای تحلیل این­گونه داده ها هستند اما محدودیت هایی نیز دارند. در این روش ها فر...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

اثر بربرین در تنظیم آستروسیتهای Gfap+ ناحیه هیپوکمپ موشهای صحرایی دیابتی شده با استرپتوزوتوسین

Background: Diabetes mellitus increases the risk of central nervous system (CNS) disorders such as stroke, seizures, dementia, and cognitive impairment. Berberine, a natural isoquinolne alkaloid, is reported to exhibit beneficial effect in various neurodegenerative and neuropsychiatric disorders. Moreover astrocytes are proving critical for normal CNS function, and alterations in their activity...

full text

مقایسه تأثیر وضعیت طاق باز و دمر بر وضعیت تنفسی نوزادان نارس مبتلا به سندرم دیسترس تنفسی حاد تحت درمان با پروتکل Insure

کچ ی هد پ ی ش مز ی هن ه و فد : ساسا د مردنس رد نامرد ي سفنت سرتس ي ظنت نادازون داح ي سکا لدابت م ي و نژ د ي سکا ي د هدوب نبرک تسا طسوت هک کبس اـه ي ناـمرد ي فلتخم ي هلمجزا لکتورپ INSURE ماجنا م ي دوش ا اذل . ي هعلاطم ن فدهاب اقم ي هس عضو ي ت اه ي ندب ي عضو رب رمد و زاب قاط ي سفنت ت ي هـب لاتـبم سراـن نادازون ردنس د م ي سفنت سرتس ي لکتورپ اب نامرد تحت داح INSURE ماجنا درگ ...

full text

شبکه های بیان ژنی برای آنالیز داده ماکرواری DNA

بر خلاف دیدگاه تقلیل گرایانه بیولوژی کلاسیک ، رویکرد کل نگر در بیولوژی با انفجار در پیشرفت تکنیک هایی با تکنولوژی بالا و تولید حجم عظیم داده خود را نشان داده است . اکنون چالش بیولوژیست ها کشف روش های تحلیل این داده ها است تا بتوانند در رسیدن به درک سیستم پویای پیچیده حیات کمک کنند. در بین تکنولوژی های بسیار پیشرفته اخیر که بیشترعمومی هستند میکرواری DNA از مشهورترین آن ها است . میکرواری،سطوح بیا...

full text

برآورد اثرهای ژنی و وراثت‌‌پذیری برخی از ویژگی‌های کمی در گوجه‌‌فرنگی با استفاده از روش تجزیه میانگین نسل‌‌ها

به‌منظور برآورد وراثت‌‌پذیری و روش عمل ژن‌های کنترل‌‌کننده برخی ویژگی‌های ریخت‌‌شناسی در گوجه‌فرنگی، تلاقی بین رقم تجاری پیتوارلی (P1) و رقم محلی گوجه‌فرنگی گیلان (P2) صورت گرفت. سپس والدین به همراه نسل‌‌های اول (F1)، دوم ((F2، تلاقی برگشتی اول BC1)) و دوم (BC2) در قالب طرح بلوک‌‌ کامل تصادفی با سه تکرار در مزرعه پژوهشی واقع در دانشکده کشاورزی دانشگاه گیلان کشت شدند. نتیجه‌های حاصل از تجزیه میا...

full text

My Resources

Save resource for easier access later

Save to my library Already added to my library

{@ msg_add @}


Journal title

volume 18  issue 93

pages  11- 20

publication date 2011-07

By following a journal you will be notified via email when a new issue of this journal is published.

Keywords

No Keywords

Hosted on Doprax cloud platform doprax.com

copyright © 2015-2023